HGC SARS-CoV-2 Variant Browserには主に３つのタブ(Variant Browser, Tracer, Statistics)から構成されています。Variant Browserは、ユーザーが調べたい条件のサンプルを簡単に抽出し、その選択したゲノムの変異状況の鳥瞰図、ならびにゲノム変異の統計情報などを得ることができます。
Variant Browserの基本的な使い方
サイトにログインをすると、Variant Browser の画面に入ります。
ログイン時にはVariant Browserは採取場所が日本国内として登録のあるものが指定されています。
自分の登録したサンプルを検索する場合にはFilterをひらいて、
ご自身の登録したLabを検索して選択いただく、特定期間・地域に絞って検索をいただくなどの形で、必要な情報を調べることができます。
もちろん変異情報やサンプルID別、Lineage別の検索も可能になっています。
検索した条件にあわせて、Variant Browserは必要な情報をクイックに確認できるように表示をします。
絞り込みを行った条件でヒットしたサンプルID、変異リスト、概要図などは適時ダウンロードいただくことができます。
ただし、サンプルデータが大きいとすべてダウンロードできません。Variant Windowでは1000件、変異についてはTOP30の変異のダウンロードに限ります。
また、Variant Windowではゲノム変異の全体像を表示するだけでなくDetailで細かく調べたり、Tableをおすことでリストにしてデータをみることができます。
こちらも一度に表示される数が1000件のためお気をつけください。