HGC-SRAS-COV-2 Variant Browser は2023年12月にて更新を終了しました。
HGC-SARS-CoV-2 Variant Browserについて
現在、新型コロナウイルス変異株は大きな問題になっており、その感染拡大状況を迅速に調べる体制が求められています。今後、ワクチン接種に伴う社会機能回復時の人流の増大に伴い、海外からの新たな変異株の流入やワクチン回避株の出現が懸念され、ウイルスゲノム解析を拡大する必要性があります。
当センターでは、こうした課題をIBMと共同でHGC SARS-CoV-2 Variant Browserを開発し、スーパーコンピュータSHIROKANE上で運用を開始しました。新型コロナウイルスのゲノム変異状況のモニタリングや懸念するべき変異株の迅速な発見、ゲノム変異情報を用いた感染経路の推定が可能になります。概要については発表時のプレスリリースもご参照ください。
問い合わせの多いユースケースや情報については本ウェブサイトのBlog側でも公開をしていく予定です。
HGC-SARS-CoV-2 Variant Browserの利用メリット
– 新型コロナウイルスのゲノム情報を用いて「どういった変異を持っており」「いつどの国から流入し」「どのように感染拡大してきたのか」を迅速に把握することができます。
– バイオインフォマティクスのスキル不要で、公開されたゲノムの変異状況を把握することができます。
利用資格・利用申請方法
利用資格
新型コロナウイルス感染症に対してゲノム解析情報を活用する必要のある研究者・担当者向けに無料で提供をしています。本解析に利用している公開データのライセンス規約に準じた形での情報提供となりますので、利用申請にあわせてお問い合わせください。
利用申請方法
HGC-SRAS-COV-2 Variant Browser は2023年12月にて更新を終了しました。
利用ユースケース例
主要なQ&A
システムのデータ更新頻度はどの程度でしょうか
現在は１−２週間ごとにアプリケーションに反映するデータを更新しています。
・なお、新規ゲノムデータを回収してから必要な解析処理を経て、アプリケーション側に反映をするため、公開データについては1-2週間程度のラグが生じます。
・システムに解析し登録された公開ゲノムの最終サンプル回収日の表示をアプリ側にしており参考にしていただければと思います。
急ぎの解析などの場合には、ご連絡ください。
解析した結果の公表はどのようにしたらいいのでしょうか
公開データも用いているため、公表については本解析に利用している公開データ(GISAID)の利用規約に準拠ください。
本サービスの提供期間について教えてください
2021年中の更新は継続予定しています。
その他、Q&Aについてはこちらからアクセスください。